La religión siempre fue un campo de gran importancia dentro de los reinados del Antiguo Egipto. Según los períodos y los dirigentes, las deidades favoritas cambiaban, siendo algunas más populares que otras. El único caso que cambió la historia del politeísmo egipcio fue el de Akenatón, el faraón que intentó instaurar la religión en torno a Atón, el dios solar.
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Sin embargo, en el resto de los períodos se mantuvo un politeísmo absoluto, siendo por lo general, la imagen de Amón, (padre de todos los vientos) la más venerada. Y fue también en el caso del reinado de la reina-faraón Hatshepsut.
Aprovechando el incondicional apoyo del clero de Tebas y por el sumo sacerdote Hapuseneb, la reina atribuye su designación de Faraón al propio dios Amón, que mediante el oráculo manifestaba sus deseos. Por otro lado, en la segunda terraza del templo en Deir el-Bahari se encuentra una muestra plástica de la teogamía, o nacimiento divino, apareciendo por primera vez en la historia de Egipto. Allí la reina manifiesta sus derechos y justifica el porqué ella debe ser la gobernante del Alto y Bajo Egipto, dejando patentado sus razones ante todos los hombres y dioses.
Su explicación racional y religiosa se justifica con los lazos que la unen con su padre, Tutmosis I. Según ella, Amón se ha encarnado en su padre para engendrarla. En otra escena, Amón aparece aproximando el Anj (símbolo de la vida) en la boca de la madre de Hatshepsut, Amosis, sentándose de frente al dios, presentando la situación divina. Esto justifica la divinidad que debía adquirir Hatshepsut para poder ser Faraón, considerando que los faraones son considerados una divinidad.
Por último cabe destacar la política de la reina a través de su largo período de gobierno. La construcción de templos fue una de las acciones más repetidas de la reina, ampliando, remodelando y creando nuevos sitios de adoración a Amón. El más conocido e impresionante ha sido el templo de Deir el-Bahari, una de las joyas de la arquitectura egipcia.